Смотрим

ldconfig -p | grep sqlite  

Подключаем репозиторий atomic

yum install atomic-sqlite

Создаём

/etc/ld.so.conf.d/sqlite3.0.8.6.conf

/opt/atomicorp/atomic/root/usr/lib64/

Обновляем

ldconfig

Смотрим

ldconfig -p | grep sqlite  

Использование LD_LIBRARY_PATH уже не нужно

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/atomicorp/atomic/root/usr/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH