Убрать все галочки настроек клавиатуры в gnome-tweaker
Посмотреть текущие
gsettings get org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source
Настройка
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source "['<Super>space', '<Shift>Alt_L','<Alt>Shift_L']"
Или использовать dconf