Убрать все галочки настроек клавиатуры в gnome-tweaker

Посмотреть текущие

gsettings get org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source

Настройка

gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source "['<Super>space', '<Shift>Alt_L','<Alt>Shift_L']"

Или использовать dconf